Shogun Big Box comprend le jeu de base Shogun ainsi que son extension Shogun: Tenno’s Court, ainsi que trois modules supplémentaires : Samurai, Military Leaders et Chambers, ces deux derniers étant exclusifs à cette édition. Avec Samurai, chaque joueur reçoit une pile de cartes offrant des bonus de plus en plus importants. Au début de chaque manche, s’il contrôle des provinces dans au moins quatre régions, il révèle la carte suivante et choisit l’un des avantages indiqués, comme des coffres de guerre, des armées placées directement dans la tour, du riz ou des points de victoire. Dans Military Leaders, chaque joueur dispose d’un chef militaire placé sur l’une de ses provinces. Ce chef procure des bénéfices pour certaines actions, comme réduire le coût des bâtiments ou obtenir davantage de ressources. À la fin du tour, il se déplace vers une province adjacente contrôlée, laissant un marqueur derrière lui. Plus un joueur possède de marqueurs en fin de partie, plus il marque de points. Avec Chambers, des fonctions doivent être occupées pour gouverner. Au début de chaque manche, six marqueurs sont révélés et placés sur le plateau des charges. Le joueur majoritaire dans une région peut échanger un marqueur contre l’un des siens. En fin de partie, des points supplémentaires sont attribués pour les majorités en lignes horizontales et verticales.