Dans Merchants of Amsterdam, les joueurs cherchent à obtenir la première ou la deuxième majorité dans différentes catégories, comme les marchés de marchandises, les colonies commerciales et les entrepôts d’Amsterdam. À son tour, un joueur pioche trois cartes et choisit comment les utiliser. Il peut retirer une carte du jeu, la conserver ou la proposer aux enchères. Ces cartes permettent d’avancer ou de placer un marqueur dans les différentes catégories. Certaines cartes marquent le passage du temps et font progresser la partie à travers plusieurs phases historiques, allant d’aucun effet à des décomptes spécifiques, des bonus, puis des pénalités lorsque les guerres perturbent les marchés. La particularité du jeu réside dans une horloge d’enchères à ressort utilisée pour les enchères hollandaises. On déclenche l’horloge et son compte à rebours fait baisser le prix. Les joueurs attendent le moment opportun pour arrêter l’horloge en appuyant dessus et payer le montant affiché.