WunderWaffen (« armes miracles ») se déroule durant la dernière année de la Seconde Guerre mondiale, lorsque le débarquement de Normandie ouvre la voie à l’occupation de Berlin et à la défaite de l’armée allemande. Grâce à des règles simples, le jeu recrée la collaboration parfois difficile entre les Alliés russe, britannique et américain pendant la phase finale du conflit.
L’armée allemande est proche de l’effondrement, mais dans ses laboratoires, des scientifiques et des techniciens conçoivent de nouvelles armes terrifiantes, les WunderWaffen, dans l’espoir de renverser une situation désespérée.
Pendant la partie, les joueurs alliés doivent trouver un équilibre entre l’urgence d’avancer rapidement vers Berlin et la nécessité de limiter les recherches scientifiques allemandes, tout en essayant de s’entraider.
Le joueur allemand doit progresser sur la piste de recherche tout en menant une résistance désespérée face à l’avancée des Alliés afin de retarder le plus possible la défaite inévitable. Les Allemands peuvent également gagner malgré la perte de Berlin grâce à un système de score qui récompense les résultats obtenus par les forces sur le terrain.