Dans Yamataï, deux à quatre joueurs s’affrontent pour construire des palais, des torii et leurs propres bâtiments sur les terres de Yamataï. Le jeu utilise des tuiles d’action numérotées montrant des navires de différentes couleurs et souvent une action spéciale. À chaque tour, les joueurs choisissent une tuile, prennent les navires indiqués, peuvent en acheter ou vendre un, puis les placent sur le plateau depuis des points d’entrée ou à côté de navires existants, en respectant des règles de continuité et de couleur. Après le placement, le joueur récupère des ressources des terrains touchés ou construit sur un espace libre en utilisant des navires correspondant à une tuile Bâtiment. Les bâtiments personnels reliés entre eux rapportent de l’argent. Il est aussi possible de conserver un navire et d’échanger des ressources pour recruter des spécialistes aux pouvoirs uniques. Les tuiles d’action sont ensuite réorganisées pour déterminer l’ordre du tour suivant. La partie s’achève lorsqu’une condition de fin est atteinte, puis les joueurs comptent les points issus des bâtiments, des spécialistes et de l’argent pour désigner le vainqueur.