Le principe de Tsuro of the Seas est proche de celui de Tsuro de Tom McMurchie. Chaque joueur dirige un navire qu’il doit maintenir le plus longtemps possible sur le plateau. Celui qui reste en jeu le plus longtemps remporte la partie.
À chaque tour, les joueurs ajoutent des tuiles Sillage sur une grille de 7 × 7. Chaque tuile comporte deux connexions sur chacun de ses côtés, formant peu à peu un réseau de parcours. Si un sillage est placé devant un navire, celui-ci avance jusqu’à l’extrémité du tracé. S’il quitte le plateau, son propriétaire est éliminé.
La nouveauté réside dans les tuiles daikaiju, représentant des monstres marins. Elles peuvent se déplacer : chaque tuile possède cinq flèches, quatre pour les directions cardinales et une pour la rotation. Lors de son tour, le joueur actif lance deux dés. Sur un total de 6, 7 ou 8, les daikaiju se déplacent, sinon ils restent en place. Un second lancer détermine la direction. Sur 1 à 5, chaque daikaiju suit la flèche correspondante. Sur un 6, une nouvelle tuile daikaiju est ajoutée.
Si un daikaiju percute un sillage, un navire ou un autre daikaiju, l’élément touché est retiré. Plus les monstres sont nombreux, plus survivre devient difficile.