Dans Sea of Clouds, vous incarnez le capitaine d’un navire pirate volant. Vous recrutez un équipage sans scrupules, collectionnez des reliques et dénichez le meilleur rhum en récupérant des parts de Butin, avant d’envoyer vos pirates à l’abordage des vaisseaux ennemis pour piller leurs trésors. À chaque manche, les joueurs se relaient pour se partager des parts de Butin afin d’obtenir du rhum, des reliques, des objets et des pirates. Lors de certaines manches, lorsque les navires se rapprochent, un abordage a lieu et les effets des pirates recrutés permettent de gagner des doublons et de voler du butin. À votre tour, vous examinez secrètement la première des trois parts disponibles et choisissez soit de la prendre, soit de la laisser pour regarder la suivante, ce qui augmente sa valeur pour le joueur suivant. Si aucune part ne vous convient, vous piochez une carte à l’aveugle. Toutes les quatre ou cinq manches, un abordage est déclenché. Vous additionnez la force de votre capitaine et de vos pirates, affrontez vos voisins et remportez des doublons ou du butin avant de défausser tous les pirates. La partie se termine après douze ou quinze manches, et le vainqueur est celui qui totalise le plus de valeur en doublons et en cartes Butin.