Dans Inca Empire, chaque joueur est un « Apu », le chef de l’une des quatre régions appelées suyus. En tant qu’Apu, votre objectif est d’accroître votre prestige aux yeux de l’empereur divin, le Sapa Inca, en développant et en améliorant l’empire de la manière la plus efficace possible. Chaque Apu commence avec la main-d’œuvre de sa région. Il construit des routes et conquiert des régions voisines, augmentant ainsi sa population et les ressources à sa disposition. Les Apus sont récompensés pour chaque nouvelle région intégrée à l’empire ainsi que pour les améliorations comme les terrasses, les garnisons, les villes et les temples. Le joueur qui possède le plus de points de victoire au moment où Pizarro arrive dans la capitale inca de Cuzco remporte la partie. En raison du caractère très interactif du placement des cartes Soleil, Inca Empire ne peut pas se jouer à seulement deux joueurs. Inca Empire est une réimplémentation de Tahuantinsuyu.