La terre de Cardis est gouvernée depuis de nombreuses années par le roi Rhodrig. Royaume riche et puissant, Cardis contrôle les provinces voisines qui lui fournissent de précieuses ressources. Cette prospérité attire cependant chefs de guerre et pillards, qui lancent fréquemment des attaques. Le royaume a résisté jusqu’ici, mais au prix de lourdes pertes. Grâce au soutien des riches Archontes, il se reconstruit afin que Sciences et Arts prospèrent de nouveau, tandis que de nouveaux soldats sont recrutés en prévision des combats à venir.
Dans Archon : Glory & Machination, les joueurs incarnent ces Archontes influents cherchant à gagner les faveurs du roi. Ils exercent leur autorité sur leurs courtisans et sur diverses figures de pouvoir, les Magistrats.
Une partie se déroule en trois Saisons. À chacune, le roi impose des exigences permettant de marquer des points de victoire. Chaque Saison comprend trois manches où, grâce à un système de placement d’ouvriers piloté par des cartes, les joueurs récoltent ressources et revenus, recrutent des soldats, reconstruisent la cité et acquièrent des cartes de Sciences et d’Arts. Ils peuvent aussi former des guerriers d’élite pour défendre la ville. Après neuf manches, le joueur totalisant le plus de points de victoire l’emporte.