Shadows in Kyoto est un jeu abstrait pour deux joueurs situé dans l’univers de Hanamikoji. Les joueurs y dirigent soit les Oniwaban, un groupe d’espions infiltrés protégeant secrètement le shogun, soit une agence de renseignement du gouvernement de Meiji, soutenue par les technologies avancées de la révolution industrielle occidentale. En tant que commandants, les joueurs doivent recueillir des informations cruciales chez l’adversaire tout en préservant leurs propres intérêts. Par des déplacements, des affrontements et des choix tactiques, trois conditions de victoire sont possibles : capturer deux agents ennemis détenant de véritables informations, amener l’adversaire à capturer trois de vos agents porteurs de fausses informations, ou permettre à l’un de vos agents possédant de vraies informations de s’échapper avec succès.