Le Fantôme de l’Opéra est un jeu pour deux joueurs basé sur le système de Mr. Jack, avec un affrontement asymétrique où l’un cherche à révéler l’identité secrète de l’autre en manipulant les suspects sur le plateau. Le jeu s’en distingue toutefois par plusieurs éléments. Huit suspects se trouvent dans les dix salles de l’Opéra Garnier. Chacun a une raison de faire fuir la cantatrice La Carlotta, et l’un d’eux est secrètement désigné comme étant le Fantôme. L’autre joueur incarne l’Enquêteur, qui doit découvrir son identité avant que La Carlotta ne quitte l’Opéra, faute de quoi il perd. Sa position de départ peut être ajustée pour équilibrer la difficulté. À chaque manche impaire, quatre cartes Suspect sont révélées. L’Enquêteur déplace un suspect, le Fantôme en déplace deux, puis l’Enquêteur le dernier. Le Fantôme indique ensuite s’il peut provoquer un incident, possible seulement s’il est seul ou dans la salle plongée dans l’obscurité. Selon le cas, certains suspects sont innocentés. La Carlotta avance d’autant de cases que de suspects non blanchis, avec un pas supplémentaire en cas d’incident. Les manches paires utilisent les cartes restantes, avec le Fantôme qui commence. Les déplacements dépendent du nombre de personnages dans la salle d’origine. Chaque personnage possède un pouvoir spécifique permettant de révéler ou dissimuler des informations, bloquer des passages, manipuler l’obscurité ou influencer les autres. La partie s’achève lorsqu’il ne reste qu’un suspect ou que La Carlotta s’enfuit.