Nexus Ops est un jeu de guerre de science-fiction de complexité légère à intermédiaire. Il propose un plateau hexagonal dont la configuration change à chaque partie, ainsi que, dans l’édition Avalon Hill, des figurines phosphorescentes et de nombreux affrontements. Les joueurs dirigent des corporations futuristes rivales qui s’affrontent pour le contrôle du minerai de rubium présent sur la lune. Les points de victoire s’obtiennent en remportant des batailles et en accomplissant des missions secrètes.
Les unités sont composées de différentes races extraterrestres et utilisent des caractéristiques proches de celles de la série Axis & Allies, tout comme le système de combat. Les joueurs qui perdent des combats reçoivent des cartes Énergie leur accordant des pouvoirs spéciaux utilisables plus tard. Il est également possible d’obtenir ces cartes en contrôlant le Monolithe, une structure surélevée située au centre du plateau. Le premier joueur à atteindre le nombre requis de points de victoire remporte la partie.