Dans Biotopes, vous devez développer votre écosystème pour le rendre le plus riche et dynamique possible. Colonisez le paysage central, attirez des espèces animales et faites croître leurs populations. Une partie se déroule en 5 ou 6 cycles selon le mode choisi. Au début, on définit des sources communes de points de victoire, représentant les conditions environnementales auxquelles vos écosystèmes doivent s’adapter. À chaque cycle, vous piochez des cubes de quatre couleurs depuis votre sac et les placez sur vos cartes Biotope. Ils représentent la matière organique extraite du sol par les plantes. Pendant le cycle, les joueurs alternent pour agir. Sur le plateau central, vous étendez votre territoire, vous déplacez et pouvez en prendre aux adversaires. Dans votre écosystème, vous jouez des cartes d’espèces animales, les nourrissez avec les ressources produites, les faites se reproduire et piochez de nouvelles cartes pour vous adapter. Les cubes sur les cartes représentent les populations. À la fin du cycle, les ressources utilisées retournent dans le sac. Après tous les cycles, on totalise les points. Attention, une espèce sans cubes disparaît et ne rapporte rien. Un écosystème trop fragmenté peut aussi entraîner des pénalités.