Dans Archipelago, les joueurs incarnent des puissances européennes de la Renaissance rivalisant pour l’exploration d’un archipel du Pacifique ou des Caraïbes. Ils explorent des territoires, exploitent des ressources, les utilisent sur des marchés internes, pour eux-mêmes et pour les populations locales, ou sur des marchés extérieurs afin de les vendre en Europe. Ils construisent des marchés, des ports, des villes et des temples, négocient entre eux et peuvent même se trahir, le tout afin d’accomplir leurs objectifs secrets. Ils doivent également deviner les objectifs cachés des autres joueurs pour en tirer avantage.
Les joueurs doivent cependant surveiller attentivement les populations locales. Si celles-ci deviennent trop mécontentes ou si trop de travailleurs restent inactifs, une révolte peut éclater et mener à une déclaration d’indépendance, provoquant la défaite de tous les joueurs.
Selon l’auteur, Archipelago se veut un jeu économique de placement d’ouvriers à l’allemande, mais sans thème superficiel ni manque d’interaction. Le jeu propose au contraire un thème très présent, de nombreuses négociations et un fort potentiel de coups bas.
Trois ensembles d’objectifs sont inclus, permettant de choisir entre une partie courte, moyenne ou longue. Un mode solo est également disponible via une extension.