Pixel Tactics 2 est un jeu d’affrontement tactique pour deux joueurs. Chacun dispose d’un deck identique de 25 cartes, à partir duquel il choisit un chef. Les capacités de ce leader modifient profondément la stratégie et l’utilisation des autres cartes, offrant ainsi 25 façons différentes de jouer. Les joueurs alternent en posant des cartes et en attaquant. Selon leur position, les cartes peuvent agir offensivement en première ligne ou fournir un soutien à l’arrière. Elles peuvent aussi être jouées comme ordres, produisant des effets puissants à usage unique capables de renverser la situation. La partie se poursuit jusqu’à la défaite du leader adverse. Une session typique se joue en deux ou trois manches gagnantes. Pixel Tactics 2 se déroule dans le même univers que BattleCON: War of Indines de Level 99 Games et en reprend plusieurs personnages, mais son système de jeu est totalement différent.