Dans Nuns on the Run, la plupart des joueurs incarnent des novices impatientes d’explorer secrètement la grande abbaye de nuit afin d’accomplir leur « vœu secret ». Elles se faufilent dans les couloirs à la recherche de clés et de trésors. Mais quels trésors peut bien convoiter une novice ? Des biscuits interdits, un matelas confortable, des substances prohibées ou un livre de sorcellerie ? Au cours de leurs escapades nocturnes, les novices doivent rester vigilantes face à l’abbesse ou à la prieure, en patrouille pour s’assurer que les jeunes sœurs demeurent irréprochables. Ces rôles sont tenus par d’autres joueurs dont l’objectif est d’attraper les novices avant qu’elles ne regagnent leur lit. Chaque participant joue soit une novice, soit l’abbesse ou la prieure. Les novices se déplacent en secret et doivent éviter d’être vues ou entendues. Leur but est d’atteindre l’emplacement correspondant à leur vœu secret puis de revenir dans leur chambre sans être détectées. Leurs déplacements sont notés discrètement sur des feuilles cachées. L’abbesse et la prieure suivent des parcours définis sur le plateau, mais peuvent s’en écarter pour poursuivre une novice repérée ou entendue. Les novices qui accomplissent leur vœu et regagnent leur chambre remportent la partie, tandis que l’abbesse et la prieure gagnent si elles capturent un nombre suffisant de fugitives.