Dans Mutant Chronicles: Le Siège de la Citadelle, les joueurs incarnent l’une des cinq corporations, Imperial, Cybertronic, Mishima, Capitol ou Bauhaus. Chacun débute avec deux Doomtroopers dotés des capacités propres à sa faction et doit empêcher la Légion des Ténèbres et son chef, le népharite Alakhai, de conquérir le système solaire. Chaque mission réussie mène à une nouvelle, avec une Citadelle modulaire et des événements influençant la bataille. Les promotions rapportent des crédits pour acquérir des armes plus puissantes. Au début de chaque mission, un joueur incarne la Légion des Ténèbres, met de côté ses Doomtroopers et contrôle les ennemis. Il peut tout de même gagner des points de promotion en infligeant des blessures. Dix scénarios sont inclus. Les joueurs Corporations prennent leurs figurines, cartes et éventuelles missions secondaires. Le joueur de la Légion installe le plateau modulaire et place des cartes Force face cachée dans les salles. Lorsqu’un Doomtrooper entre, les ennemis correspondants apparaissent. Les figurines disposent en général de deux actions par tour, déplacement ou attaque, résolues par des lancers de dés comparés à l’armure adverse. Des cartes spéciales permettent de modifier combats ou déplacements. À son tour, la Légion pioche une carte Événement, applique ses effets, reçoit des renforts et active ses créatures. La partie continue jusqu’à la réussite ou l’échec de la mission. Les Doomtroopers victorieux gagnent promotions et crédits pour améliorer leurs capacités et équipements. Une extension publiée en Suède dans le magazine Sinkadus a ajouté des personnages de la Fraternité, du nouvel équipement, des sorts et des ennemis supplémentaires.