Dans Altar Quest, chaque joueur incarne un héros disposant de ses propres cartes et équipements. Les joueurs choisissent un deck de quête, un deck de menace représentant les principales forces ennemies et un deck de vilain sinistre. Ces decks sont prêts à l’emploi, sans assemblage nécessaire, et peuvent être combinés librement pour créer de nombreuses configurations. En plus des ennemis du deck de menace sélectionné, les Lurkers constituent un danger permanent dans chaque quête. Représentés par un deck spécifique, ils diversifient les adversaires que les héros doivent affronter.
Tandis que les héros tentent d’accomplir leur quête avant d’attirer l’attention du redoutable vilain, la magie instable des autels influence constamment la partie. Les dés d’autel sont liés aux pouvoirs mystiques appelés rhunes, capables d’améliorer les cartes de différentes manières. Chaque utilisation d’un dé d’autel, par les héros ou les ennemis, entraîne un lancer qui renouvelle la combinaison de rhunes disponibles.
Inspiré du système de decks modulaires introduit dans Street Masters et Brook City, Altar Quest est un jeu d’aventure fantasy proposant une expérience riche, aussi bien en partie unique qu’en campagne suivie.