La ligne Tōkaidō du Shinkansen a commencé à être construite en 1959 afin que le train le plus rapide de l’époque soit prêt pour les Jeux olympiques de Tokyo de 1964. Dans Shinkansen : Zero Kei, les joueurs incarnent les constructeurs chargés d’édifier cette ligne ferroviaire historique ainsi que ses gares. Ils peuvent également contribuer à la préparation des sites olympiques. Le joueur qui se montre le plus efficace remporte la partie. À chaque manche, vous composez votre propre train à grande vitesse. Chaque carte Wagon ajoutée vous accorde une action ou une capacité. Ces actions permettent principalement de construire des voies et des gares, d’aider à la préparation des installations olympiques et d’obtenir de nouvelles cartes Wagon. Les wagons sont associés aux villes traversées par la ligne ; si vous les construisez dans le bon ordre, vous gagnez des points de victoire. Après cinq manches, correspondant aux cinq années de construction, le joueur totalisant le plus de points l’emporte.