Pixel Tactics est un jeu d’affrontement tactique pour deux joueurs. Chacun dispose d’un paquet identique de 25 cartes et en choisit une comme chef. Les capacités du chef modifient profondément la stratégie et l’utilisation des autres cartes, offrant 25 configurations de jeu différentes. Les joueurs alternent pour poser des cartes et attaquer. Chaque carte peut être utilisée de plusieurs façons : en première ligne pour ses capacités offensives, en arrière-ligne pour ses effets de soutien, ou comme ordre, un effet puissant à usage unique capable de renverser la situation. La partie se termine lorsque le chef d’un joueur est vaincu. On joue généralement en deux ou trois manches gagnantes. Pixel Tactics se déroule dans le même univers et reprend de nombreux personnages de BattleCON: War of Indines de Level 99 Games, mais son système de jeu est totalement distinct.