Dans Aquaretto, les joueurs gèrent un zoo aquatique et cherchent à accumuler le plus de points de victoire possible. Ils peuvent agrandir leur parc et marquer des points de différentes manières, notamment en collectionnant de nombreuses espèces animales.
Le cœur du jeu repose sur un choix : piocher un animal au hasard pour l’ajouter à un camion de transport ou récupérer un camion déjà en jeu. Prendre un camion oblige à intégrer immédiatement ses animaux dans son parc.
Cependant, chaque espèce a besoin d’espace et ne peut être placée à côté d’une autre différente, ce qui rend la planification essentielle. Il faut donc répartir les animaux sur les camions de manière à obtenir ce que l’on souhaite sans offrir trop d’avantages aux autres.
Proche de Zooloretto, le jeu inclut la reproduction si un mâle et une femelle d’une espèce sont réunis, ainsi que l’usage de pièces pour diverses actions. Aquaretto peut être joué seul ou combiné avec Zooloretto. Plus élaboré que ce dernier, il propose des options supplémentaires, comme des bonus liés aux ouvriers et aux symboles Poisson présents dans le parc.