Dans Yggdrasil Chronicles, chaque joueur incarne un dieu nordique chargé d’empêcher les forces du mal de ravager les neuf mondes, de détruire l’arbre-monde Yggdrasil et de survivre à l’avènement du Ragnarök. Chaque joueur choisit un dieu, reçoit des points de vie et un paquet d’ennemis qu’il mélange. Les neuf mondes sont représentés sur un plateau en trois dimensions à trois niveaux, dont le niveau central est rotatif. À chaque manche, une carte Ennemi est placée sur la roue correspondante. Si un ennemi apparaît pour la première fois, le joueur poursuit son tour ; sinon, l’ennemi s’active, se déplace et agit. Si un ennemi ne peut ni se déplacer ni agir, la partie est perdue. À l’inverse, faire progresser Nidhögg vers l’icône de l’arbre peut mener à la victoire. Si deux ennemis se retrouvent dans le même monde, celui-ci est dévasté et inutilisable. Après la révélation de l’ennemi, le joueur peut se déplacer et accomplir une action, comme combattre, collecter des alliés ou utiliser le pouvoir d’un monde. Les dieux gagnent toujours les combats, mais subissent des risques selon la puissance adverse, pouvant perdre des points de vie. Si un dieu tombe à zéro, tous perdent. Le jeu propose également un mode difficile avec des pouvoirs spécifiques pour chaque dieu et une campagne en six sagas débutant par la mort de Baldr et menant jusqu’au Ragnarök.