Ubongo se décline désormais en version pour deux joueurs. Chacun doit résoudre le même puzzle avec les mêmes pièces plus rapidement que son adversaire. Le système de points a été modifié, car il n’y a plus de limite de temps pour résoudre les énigmes, qui sont d’ailleurs plus complexes que dans le jeu original.
Chaque joueur reçoit 21 tuiles de puzzle et une pile de fiches. Les tuiles sont disposées devant eux, puis un dé à vingt faces détermine quelles pièces seront utilisées pour la manche. Les joueurs tentent alors de compléter leur fiche en plaçant correctement les tuiles indiquées. Le premier à terminer crie « Ubongo ! » et avance son pion sur la piste de score. Le premier joueur à remporter cinq duels Ubongo gagne la partie.