En Eaux Troubles est un jeu d'enquête dans lequel vous analysez un ensemble de preuves afin d'identifier le coupable. L'investigation combine des objets physiques et des éléments numériques, que vous devrez examiner pour résoudre l'affaire. Une fois votre conclusion établie, vous saisissez le nom du criminel afin de vérifier votre réponse. Des indices peuvent également être obtenus si vous avez besoin d'aide. Le jeu se pratique en coopération ou en compétition, les joueurs étant alors répartis en équipes qui cherchent à résoudre l'enquête avant leurs adversaires. Conçu comme une véritable affaire criminelle, Stillsee demande de mener des investigations proches de celles réalisées par la police judiciaire. Un footballeur russe, arrivé en Allemagne dans des circonstances mystérieuses, est retrouvé mort dans un lac. S'agit-il d'un accident ou d'un meurtre ?