Les joueurs incarnent des dieux opposés de la mythologie grecque, Héra et Zeus, déterminés à s’anéantir mutuellement après avoir chacun enlevé le mortel préféré de l’autre. Les joueurs disposent leurs cartes en matrices opposées de trois colonnes sur quatre rangées. Les cartes situées en tête des colonnes peuvent attaquer celles de l’adversaire, ce qui consiste à comparer leurs valeurs de combat, la carte la plus faible étant détruite. Les cartes sont toutefois jouées face cachée jusqu’à leur engagement, ajoutant une dimension de bluff et d’incertitude.
À chaque tour, les joueurs disposent d’un nombre d’actions égal à leur nombre de colonnes, actions pouvant servir à attaquer, piocher des cartes ou jouer des cartes d’action spéciales. Pour gagner, il faut réduire l’adversaire à zéro colonne, capturer sa carte otage depuis sa main ou l’empêcher d’utiliser toutes ses actions durant son tour.
Hera & Zeus fait partie de la série de jeux pour deux joueurs de Kosmos.