Don’t Mess with Cthulhu est un jeu de déduction sociale à rôles secrets. Les joueurs incarnent soit des Investigateurs cherchant à empêcher le réveil de Cthulhu, soit des Cultistes désireux de plonger le monde dans le chaos. La partie se déroule en quatre manches. Les Investigateurs doivent révéler tous les Signes des Anciens pour gagner. Les Cultistes l’emportent si Cthulhu est dévoilé ou si la partie se termine avant que tous les Signes ne soient découverts. Au début de chaque manche, les joueurs reçoivent des cartes Enquête qu’ils consultent avant de les mélanger et de les placer devant eux, sans savoir précisément laquelle ils possèdent. À chaque action, une carte est révélée. À la fin de la manche, les cartes non révélées sont redistribuées. Révéler Cthulhu donne immédiatement la victoire aux Cultistes. Révéler tous les Signes des Anciens assure la victoire des Investigateurs. En cas de parties successives, les perdants reçoivent des jetons de Folie ; après trois, la nuit prend fin et les joueurs les plus sains d’esprit gagnent. Don’t Mess with Cthulhu Deluxe ajoute le Necronomicon et des Objets de Pouvoir, permettant de jouer de quatre à huit participants.