Le terme japonais « bonsaï » signifie « planté dans un pot ». Un bonsaï est une véritable œuvre d'art vivante : un arbre miniature reproduisant fidèlement toutes les caractéristiques de son équivalent grandeur nature. Dans Bonsaï, les joueurs incarnent des maîtres bonsaï déterminés à faire pousser l'arbre le plus remarquable. Celui qui créera le plus beau spécimen aura l'honneur d'exposer son œuvre dans les jardins impériaux. À votre tour, vous choisissez l'une des deux actions suivantes : méditer ou cultiver. En méditant, vous prenez l'une des cartes visibles du plateau ainsi que les tuiles Bonsaï indiquées sous cette carte. En cultivant, vous placez sur votre bonsaï les tuiles de votre réserve personnelle. Le nombre de tuiles que vous pouvez ajouter dépend des symboles présents sur votre tuile Seishi et sur vos cartes Croissance. Chaque symbole permet de placer une tuile du type correspondant. Dès que votre bonsaï remplit ou dépasse les conditions d'une tuile Objectif encore disponible au centre de la table, vous devez immédiatement décider de la réclamer ou d'y renoncer afin de tenter d'obtenir un objectif plus exigeant. Lorsque la dernière carte de la pioche est révélée, la fin de la partie est déclenchée. Chaque tuile composant votre bonsaï rapporte un certain nombre de points. Le jeu propose également un mode solo avec des scénarios additionnels qui modifient certaines règles et certains objectifs, ainsi qu'un défi de l'Empereur pour les joueurs en quête d'un challenge supplémentaire.